Noch etwas genauer:
1. Frequenzgang - viele Gitarreneffekte sind generell nicht für tiefe Frequenzen ausgelegt, d.h. Basstöne würden in der Lautstärke beschnitten werden
2. Sinnvoller Frequenzbereich des Effektes - das ist was Butters schon beschrieben hat - ein Problem, dass tiefe Frequenzne mit Effekt belegt matschig und undefiniert klingen, das gilt vor allem für Verzerrer/Overdrive/Fuzz allerdings auch für Modulationseffekte wie Chorus, Phaser etc.
Hier ist eine Lösung, die tiefen Frequenzen gar nicht oder nur dezent mit Effekt zu belegen, während man die höheren Frequenzen voll bearbeiten kann.
3. Sinnvolle Einstellmöglichkeiten - da eine Gitarre in einem anderen Frequenzbereich "arbeitet" gibt es eben entsprechend angepasste Einstellmöglichkeiten z.B. Klangregler die auf die Bassfrequenzen angewendet nur mäßig gut klingen - das gilt z.B. auch für Parametereinstellungen von Chorus/Flanger etc.
Was jetzt aber nicht heißt, dass es keine Gitarreneffekte gibt die mit Bass auch gut klingen - und umgekehrt...im Zweifelsfall ausprobieren oder hier im Forum nachfragen.