Wie nimmst du denn auf?
Gitarre -> Interface -> Cubase und dort als Effekt GuitarRig?
Effekte in Cubase/Logic wo auch immer, sind Effekte, die beim Abspielen angewand werden. Das Signal, was in solch einem Fall aufgenommen wird, ist das Rohsignal, was dann beim Abspielen aufgenommen wird.
Was witzig ist: Du stellst das ganze als Nachteil darf... Eigentlich ist das ein Vorteil und eine gängige Praxis beim Recorden.
Man nimmt das Signal der Gitarre direkt auf um es nachträglich erst zu bearbeiten und mit Effekten zu versehen. Das kann man entweder durch solche Plugins erledigen lassen, oder man schickt das Signal nachträglich nochmal durch einen Verstärker (Reamping).
Auf die Weise kannst du nachträglich noch was am Sound machen (z.b. weil du festgestellt hast, daß du zu viel/wenig Gain hattest, oder doch lieber nen anderen Amp genommen hättest) etc.