Also bei Dir ist das ziemlich eindeutig ein Problem mit dem Sattel - sonst würd die Gitarre ja am 12.Bund gegriffen nicht richtig gestimmt klingen!
Greife die Saiten mal am 3. Bund, und schau Dir dann an, wie groß dabei der Spalt zwischen Bundoberkante und Saitenunterkante am 1. Bund ist: die Saite sollte hier gerade nicht aufliegen, es sollte nur ein minimaler Spalt vorhanden sein, so dass grad ein Blatt Papier dazwischen ginge; ist der Spalt grösser, haben wir Dein Problem - dann wird, wenn Du in den tiefen Lagen spielst, die Saite beim Niederdrücken gedehnt, und klingt zu hoch; wenn Du dagegen am 12. Bd. spielst, ist der Abstand zum Sattel schon weit größer, die Saite wird weniger gedehnt, und klingt halbwegs richtig.
Ist's wirklich ein Sattelproblem, würd ich das vom Gitarrenbauer machen lassen - sollte höchstens 20-25 Euro für die Arbeitszeit kosten, ein Satz Sattelfeilen kostet das doppekte, und Sattelkerben feilen gehört nicht grad zu den trivialsten Arbeiten an der Gitarre ( die Kerben müssen nicht nur die richtige Tiefe haben, sondern auch den richtigen Winkel - so daß zum Korpus hin das höhere Ende der Kerbe liegt, und auch den richtigen Querschnitt - minimal breiter als die verwendete Saitenstärke, udn unten leicht verrundet, also ein "U", kein "V").
Ach ja, zur Tele-Brücke: Generationen von Gitarristen hatten kein Problem damit, dass man die Saitenreiter nicht 100%ig richtig für jede einzelne Saite einstellen kann, sondern immer einen Kompromiss für zwei Saiten finden muss; aber sollte es Dich wirklich stören, gibt's ja jede Menge Auswahl an kompensierten Sätteln - entweder die komplett schräg stehenden (z.B. bei Rockinger, Glendale, Callaham, Harmony), oder die (für mich ästhetischeren) gerade stehenden, aber an beiden Saiten unterschiedlich gewinkelten von Wilkinson (die günstigste Variante, z.B. bei Guitarfetish oder über Ebay), Budz (über ToneToys - teuer!) oder Glendale.
Letzere Variante benutze ich auch selber, und zwar die Wilkinsons, die sind samt Bridge billiger als die kompensierten Sättel alleine bei anderen Herstellern - heir ein Link zu "meinen":
http://store.guitarfetish.com/wicotebrbrsa.html