Das ist doch eigentlich recht gut erklärt ab S. 22: Eine Combi enthält 8 Timbres, von denen jedes auf ein Program verweist. Für jedes Timbre kann man einen Tastatur- und einen Velocity-Bereich einstellen, in dem es erklingen soll, was diverse Split-, Layer- und Velocity-Switch-Kombinationen ermöglicht. Ausserdem kann man für jedes Timbre einen MIDI-Kanal einstellen, mit dem es angesteuert wird. Weil die Tastatur auf dem Global MIDI Channel sendet, kannst du beim Spiel auf der Tastatur nur diejenigen Timbres hören, die auf den Global MIDI Channel eingestellt sind.
Für jedes Timbre stellst du entweder ein Program ein oder eben OFF, dann klingt das Timbre nicht. Weil Combis nur auf Programs verweisen, ändert sich auch der Klang der Combi, wenn du ein Program veränderst.
Ein Problem bei deinem X5D ist wohl, dass der frühere Besitzer die Programs und Combis verändert hat und jetzt der Speicherinhalt nicht mehr mit den Beispielen in der Anleitung übereinstimmt. Vermutlich hat er auch weitere Einstellungen verändert.
Es gibt beim X5D die Möglichkeit, die Fabrik-Einstellungen wieder herzustellen (factory reset, S. 156), aber du solltest besser jemanden mit mehr Erfahrung bitten, das für dich zu tun.