FL Studio ist ja immer noch eine DAW. Digital Audio Workstation. Da sollte die Software vom Namen her wohl mit Audio zurecht kommen. Und das ist es, was du willst. Mit der kleinen Einschränkung, dass der Computer und seine Programme nur mit digitalisiertem Audio etwas anfangen können. FL Studio gibt es für Mac und Windows - das spielt auch noch eine Rolle für dein Vorhaben, denn Macs kommen hardware- und .
Wenn du einen Mikrofon- oder Audio-Eingang am Rechner hast, kannst du ja schonmal probieren, wie das grundsätzlich funktioniert. Sinnvoller allerdings ist, sich zusätzlich ein Audio-Interface zu besorgen, das die notwendige Umwandlung von analogem in digitales Audio schneller (also mit weniger Zeitversatz/Latenz) und sauberer (weniger Rauschen) erledigt. Da die meistens gleichzeitig für Mikrofon-Aufnahmen ausgelegt sind und darum noch einen mindestens guten Mikrofon-Vorverstärker beinhalten, gibt es die nicht für ganz kleines Geld.
Grundsätzlich ist der Weg Prologue: Audio-Ausgang > Audiokabel > Audio-Interface > USB- oder Lightning-Kabel > Computer oder Tablet > DAW. Ich denke nicht, dass der Prologue ein Audio-Interface schon eingebaut hat und den Sound direkt über USB liefern kann - das könntest du aber selbst klären.
Was du Tastenkommandos nennst, dürfte MIDI sein. Normalerweise werden damit nicht nur Tastenkommandos, sondern auch die Einstellungen einiger Bedienelemente übertragen. So kann man tatsächlich einen Software-Synth fernsteuern.