Es sind definitiv die gleichen Instrumente.
Logic und Mainstage greifen gemeinsam auf die gleichen verfügbaren Daten (Plugins, Samples usw.) zu.
Der Unterschied liegt vermutlich in den Einstellungen, die nicht abgespeichert sind.
Das könnten Send-Wege zu anderen Aux-Channels sein, es kann auch sein, dass im Summenkanal Unterschiede bestehen.
Jedenfalls lässt sich das einfacher in den Griff kriegen, als Mainstage-Sound in Logic aufzuzeichnen.
Falls Dich das nicht überzeugt und Du Dir doch die Arbeit machen willst:
- Soundflower runterladen
- in Mainstage den Output auf Soundflower stellen
- in Logic eine Spur Softwareinstrument -> external Instrument
- in external Instrument den Audio-Input auf Soundflower stellen
- in external Instrument den Midi-Output auf IAC-Bus stellen
- in Mainstage den Midi-Input auf auf den gleichen IAC-Bus stellen.
Das ist eine sinngemäße Anleitung - in den Details wird es vermutlich Probleme oder Hänger geben, die Du mit Geduld und systematischer Fehlersuche in den Griff kriegen kannst.
(In der Zeit hast Du aber locken die oben beschriebenen Unterschiede behoben)