Moin,
da gibt es mehrere Optionen, ich gehe jetzt mal von einer Standard-Strat aus, bei der der Steg-PU ersetzt werden soll: Entweder den PU am Schlagbrett befestigen (dazu muss selbiges natürlich entsprechend ausgesägt bzw. -gefräst werden) - dann muss man sich halt mit den alten Löchern für die Schrauben abgeben.
Oder man befestigt einen geraden, möglichst flachen Rahmen auf dem Pickguard. Sowas habe ich auch mal gemacht, weil ich den mitgelieferten Rahmen des PUs aus optischen Gründen unbedingt verwenden wollte; dazu musste ich den Rahmen allerdings absägen, weil er zu hoch und eine schräge Fläche hatte.
Dritte Variante: Man bohrt die Gewinde in der PU-Grundplatte auf und befestigt den PU direkt im Holz mit Holzschrauben und Federn oder Schaumgummi (ähnlich P-90). Aber auch dann sieht man halt die Löcher im Schlagbrett.