Naja...das ist auch nicht viel komplizierter, als z.B. eine Combination bei Korg. Die Scenes sind halt im Mulitmodus. Der Fantom kennt keinen anderen Modus als Multi. Von der Theorie müsstest du nur nach dem Einspielen in Cubase am Fantom alle MIDI-Kanäle auf den Kanal der Cubasespur einstellen...fertig. Dann werden alle Layer der Scene über den gleichen Kanal angesprochen. Oder du nimmst es gleich als Audio-Spur auf.
Edit:
Es ist wie ich gesagt habe:
In der DAW als Ausgang und Eingang den Fantom auswählen und z.B. MIDI-Kanal 1 einstellen. Danach am Fantom die Wunsch-Scene wählen und die erste Zone auf extern/beides (grüne LED / orange) schalten. Spur einspielen und am Schluß im Zone-Menü auf Level/Pan den MIDI-Emfpangskanal am Fantom auf Kanal 1 einstellen...fertig. Frag mal die Yamaha-Leute wie die das am MODX+ machen
Da sind die Zonen/Layers den MIDI-Kanälen fest zugewiesen.
Hinweis:
Je nach Modus muss man schauen, ob man am Fantom noch local off einstellen muss, damit die MIDI-Daten nicht zweimal verarbeitet werden. Ich würde aber an der DAW das "mithören" ausschalten, dann sendet die DAW bei der Aufzeichnung keine MIDI-Daten an den gewählten Ausgang. Das geht jedenfalls so bei Studio One.