Hi,
Deinem Problem abzuhelfen ist schon möglich, nur leider nicht ganz einfach. So wie ich das verstehe, waren die Nebengeräusche in den Zwischenpositionen weg, als die beiden PU-Sorten Out Of Phase verkabelt waren. Das bedeutet, dass die Pickups die falsche Polarität im Verhältnis zur Wicklung haben.
Also gibt es zwei Möglichkeiten: entweder Du tauschst auch den Singlecoil aus, und zwar gegen einen mit umgedrehter Polarität, aber gleicher Wicklung (ein Seymour Duncan müsste also passen), oder Du änderst die magnetische Polarität bei einer der PU-Sorten in Deiner Gitarre.
Beim traditionellen SC mit Spulenkörpern aus Pappe geht sowas leider nicht, da die Magnete fest mit der Spule verbunden sind und der Draht direkt um die Magnete gewickelt ist. Drückt man die Magnete heraus, reißt der fast immer der Spulendraht. Bei SCs mit einer Kunststoffspule müsste es dagegen gehen,
ich habe es allerdings selbst noch nie gemacht. Vielleicht findest Du was im Netz dazu. Wenn Du ihn ausbaust und die Kappe entfernst, siehst Du ja, ob die Magnete in einer Kunststoffplatte stecken. Jedenfalls ist bei diesen PUs ein Pol oben, der andere unten, sodass man die Polarität ändert, wenn man jeden einzelnen rausdrückt und umgekehrt wieder einpasst.
Bei den Humbuckern kann man die Polarität auch wechseln, aber das müsstest Du dann natürlich bei beiden tun,. Hier nennt sich das auch "Magnet Flipping" und funktioniert wie folgt: Zuerst musst Du das Klebeband um den HB entfernen. Vorsichtig abwickeln, dann kannst Du es hinterher wieder verwenden. Falls die Spulen zusätzlich noch einzeln umwickelt sind: das kann bleiben. Unter den Spulen solltest Du jetzt schon von der Seite den Barrenmagneten sehen. Er liegt flach und quer zu den Saiten, und die Polarität Nord/Süd ist längs aufgeteilt, d.h. ein Pol zeigt nach vorne, der andere nach hinten. Das ist also etwas anders als bei den Magneten aus dem Physikunterricht, bei denen die Polarität meistens entlang der kurzen Seite geteilt war.
Jetzt musst Du die 4 kleinen Schrauben auf der Rückseite des HB etwas lösen, die die Spulen auf der Grundplatte befestigen. Nicht ganz lösen, damit der PU nicht auseinanderfällt! Dann kannst du den Magneten ganz einfach mit einem Schraubenzieher o.ä. zur Seite rausdrücken. Ich mache das immer von der Seite her, auf der die Spulendrähte ans Anschlusskabel gelötet sind, damit ich die Verbindung immer vor mir habe und sie nicht beim Rausschieben verletze. Ach ja, der Magnet klebt manchmal etwas fest. Er ist aber nicht zusätzlich befestigt, sondern das kommt vom Wachs, das ab Werk zum Entpfeifen der Spulen verwendet wird. In dem Fall kannst Du ihn mit einem kleinen Schraubenzieher ein bisschen von der Grundplatte hochhebeln bzw. von den Spulen lösen, wenn er oben festklebt. Kaputtmachen kannst Du eigentlich nur etwas, indem Du abrutschst und die Spulen verletzt - also Hauptsache, Du machst nichts mit Gewalt. Lass Dir Zeit.
Bei Duncans ist oft eine Kante weiß angemalt, damit man in der Produktion einen Pol vom anderen unterscheiden kann. Das siehst Du vermutlich aber erst beim Ausbau. Falls nicht, markiere selber, wie er ab Werk eingebaut war, und schreib es auf, bevor Du ihn ganz entnimmst (nur falls plötzlich das Telefon klingelt, Du aufs Klo musst oder sonstige unaufschiebbare Unterbrechungen auftreten...
). Jetzt drehst Du den Magneten um seine Längsachse, sodass im Pickup die vordere und hintere Kante des Magneten vertauscht sind, und schiebst ihn wieder rein. Schrauben wieder anziehen, Klebeband drumwickeln, fertig.
Jetzt müsstest Du die Duncans anschließen können wie im Diagramm vorgesehen, also so, wie Du es zuerst getan hattest, und der Sound müsste auch stimmen. Falls nicht, melde Dich nochmal hier
Gruß, bagotrix
....könnte vom SC kommen - müsstest wahrscheinlich auch den SC auswechseln mit einem hum-cancelled model wie z.Bsp. 
