Der erste Schritt ist natürlich der zum Händler, wo man die Gitarre gekauft hat. Eine Gitarre, die man nicht bundrein bekommt, ist nichts wert, so kann sie nicht bleiben. Wenn die Garantie eh verfallen ist, kann man natürlich zu jedem Gitarrenbauer seiner Wahl gehen. Die sind längst nicht so teuer, wie man denken mag, und sie haben das nötige Know-How. Wer regelmäßig seine Saiten bei "seinem" Gitarrenladen kauft, sollte auch dort mal nachfragen. Das Problem in einem Forum ist leider, daß man die Gitarre nicht mit posten kann, die anderen können also nur raten, woran es liegen kann, obwohl sie vielleicht spontan den Fehler finden würden, wenn sie die Gitarre in der Hand hätten.
Mir fallen spontan drei Korrekturmöglichkeiten ein, und ein Link, der sich sehr intensiv mit dem Thema auseinandersetzt, zwar am Beispiel einer Konzertgitarre, aber das Prinzip ist ja bei allen Gitarren das gleiche.
1. Der Sattel ist sehr wichtig für Bundreinheit und könnte auch hier das Problem sein.
2. Halskrümmung ist eine weitere mögliche Ursache, die auf verschieden dicke Saiten (also auch die unterschiedlichen 6 Saiten eines Satzes) unterschiedlich stark wirkt.
3. Was man an der Brücke einstellen kann, kann man am Sattel in etwas kleinerem Maßstab durch Feilen erreichen.
Details dazu kann man hier nachlesen (allerdings auf Englisch):
http://www.doolinguitars.com/intonation/intonation1.html