Mal etwas genauer: Wie hast du aufgenommen? Mit dem internen Klick? Audio oder MIDI Klick? oder einfach so die erste Spur, dann die zweite Spur gespielt (während du die erste gehört hast), und nachher waren die nicht synchron? Mit was für einer Soundkarte? Was für Treiber? Software oder Direktmonitoring benutzt?
Die Audioengine von Samplitude macht eigentlich eine optimale Latenzausgleich, auch bei MME-Treibern. Die Spuren werden also automatisch synchronisiert, auch wenn es Verzögerungen gibt.