Hi,
die "Angst vor dem Shim" ist mMn unbegründet. Viele Bolt-On-Gitarren (selbst original alte 20.000 $-Vintage Strats) haben einen und klingen sehr gut.
Dennoch will ich es nicht von vorneherein der Einbildung zuschreiben, wenn Deine Gitarre nach dem Rausnehmen besser klang. Nur kann das oft auch andere Ursachen haben. Mir ist zB aufgefallen, dass die Halsschrauben - oder einzelne davon - ab Werk mitunter einfach zu fest angezogen sind. Das scheint zu inneren Verspannungen zu führen, die tatsächlich nachteilig sein können. Wäre also durchaus möglich, das schon das Ab- und wieder Anschrauben ohne Entnehmen des Shims die Verbesserung gebracht hätte, die Du wahrgenommen hast. Mal abgesehen davon, dass Du bei der Gelegenheit bestimmt auch die Saiten gewechselt hast - eine andere Marke, jedenfalls frische, vielleicht sogar eine andere Stärke?
Mein Rat: Ausprobieren! Leg den Shim wieder rein, achte aber darauf, dass er nicht verrutscht. Dann schraub den Hals wieder fest und zieh die Saiten wieder auf. Danach löst Du die Schrauben nochmal leicht, sodass der Saitenzug den Hals fest gegen die Stirnseite pressen kann. Auch die Schrauben liegen dann besser in den Löchern des Bodies an. Gerade diese Maßnahme hat bei mir schon oft eine deutliche Verbesserung gebracht, genau in dem Sinne, wie Du sie schilderst.
Ich bin mir sicher, dass die Gitarre auch mit Shim genauso gut klingen kann wie jetzt, solange alles andere stimmt.
Gruß, bagotrix