ich hätte gerne einen wärmeren Ton, als sie jetzt hat, und halt weniger matschig. Komischweise wurde sie durch den Mojotone eher heller als wärmer.
Komisch ist das gar nicht, und es hat mit dem zu tun, was
@Stoptail22 sagt und du ja auch bestätigst: eine SE Standard ist halt konstruktiv keine Les Paul, sondern ähnelt viel mehr einer SG.
Ich glaube nicht, dass die Verdrahtung falsch ist. Mojotone baut gerade diese PUs halt so, dass sie einem alten PAF möglichst ähnlich klingen, und die waren eben viel schlanker im Ton, als man es nach den Aufnahmen vieler Bands vermuten würde. Tatsächlich werden sie oft als 'twangy' beschrieben und mit einer Tele verglichen - die ja auch sehr fett klingen kann, siehe Led Zeppelin. Neben einer 'dick' klingenden Holzbasis lag das auch an den Amps und Einstellungen, und das wäre eben ein ganz anderer Ansatz. Röhrenamp mit Endstufenzerre, altmodischen Treble Booster vorschalten, Tonregler an der Gitarre dafür zurückgedreht - die PRS könnte das mit dem Mojos schon auch, aber es ist der steinige Weg.
Was du suchst, ist also wohl eher das, was die PU-Hersteller für die modernen Mehrkanaler und Modeller anbieten: ein PU, der auch mit Knöppen auf 10 und direkt in den Amp schon fett klingt. Die alten SE-PUs haben das durchaus versucht, klangen dabei für die meisten Ohren eher undifferenziert. Dazu kommt noch, dass mwN ab Werk ein Treble Bleed installiert war. Auch wenn manche diese Auswirkung bestreiten, hatte ich mehrfach Gitarren, die damit auch bei Volume auf 10 schriller und dünner klangen. Falls Du also einen Kondensator am Volume findest, löte einfach mal eine Seite ab und vergleiche den Sound.
Für eine genauere PU-Beratung solltest Du im Unterforum Pickups & Wiring einen Thread starten und ein bisschen was zur Musikrichtung, vorhandenen Amps und Zerrern und Soundvorblidern posten, da kommen sicher eine paar Tipps. Spontan würde ich sagen, dass für Dich sowas wie ein Bare Knuckle True Grit, Rockinger Bellbucker oder Dimarzio AT 1, Norton/Air Norton besser zu passen scheint als ein PAF, wenn Dir die SE-PUs (mit um die 10 KOhm am Steg) schon nicht fett genug waren. Duncans sind leider sehr teuer geworden, aber da könnten zB Whole Lotta Humbucker oder Slash 2.0 passen. Falls es auch günstiger sein darf

, wärst Du mit Tonerider Rocksongs mMn sehr gut bedient, richtig gut klingende Allrounder mit mittlerem Output.
Die aktuellen SE Standards haben übrigens die 85/15"S"- Pickups, und da sind sich die meisten einig, dass die schon wrklich gut klingen, gerade im Vergleich zu den alten. In Output und Sound würde ich sie mal grob als moderne Hot PAFs einordnen.
Gruß, bagotrix