Glaube mir, es ist bei einigen Herstellern ganz normal, dass die Bünde "nur" mit der Flachfeile abgerichtet, also auf eine Ebene in eine Flucht gebracht werden damit eine flache Saitenlage möglich ist.
Das anschließende neu Verrunden mit der Bundfeile braucht eben Zeit.
Wenn die nicht einkalkuliert ist, bzw. die Abflachung nur 5-6 Zehntel breit ist, ist das aber auch nicht notwendig (auch wenn es "schöner" wäre und die Töne dann exakter stimmen würden).
Im Gegenteil: Wenn die Abflachung bleibt spielt sich das Bundstäbchen nicht ganz so schnell ein, da die Saiten mehr Auflagefläche haben und sozusagen mehr Material abschaben müssen um die Vertiefung auszuarbeiten.
Wenn es Dich aber stört und Du gerne runde Stäbchen willst, dann kannst Du Dir wie ich z.B. diese Bundfeile besorgen und dann die Rundung wieder sauber hinfeilen.
Aber Vorsicht: Ein ganz kleiner Steg sollte in der Mitte bleiben, sonst feilst Du das Stäbchen zu tief.

Zum Schutz des Griffbretts empfiehlt sich das hier:

Das ist auch super zum Polieren!
Du siehst auch bei meiner JTV-59, dass die Bundstäbchen in der Mitte eine kleine Abflachung haben. Das ist völlig ok!
Leider habe ich im Moment kein Bild direkt nach dem Feilen, da sind die Stäbchen auch von der Oberfläche her um einiges glatter wie hier auf dem Bild:
Bundstäbchen gefeilt, geschliffen und nachoxidiert.