Der Standard ist sicher, einfach weiterzuzählen: Nach Takt 4 kommt Takt 5, auch, wenn zwischen beiden ein Wiederholungszeichen steht.
Ins Schleudern kommt man u. U. bei Auftakten. Da beginnt immer der erste volle Takt mit Nr. 1.
Der letzte Takt ist dann (meist) entsprechend gekürzt, so dass er sich mit dem Auftakt zu einem vollen Takt ergänzt.
Wenn dann dazwischen Wiederholungszeichen kommen, kann es interessant werden.
Zu Sibelius: automatisch geht da, glaube ich, nichts (es wäre auch gegen die Konventionen).
Aber man kann natürlich in jedem Notensatzprogramm die Taktnummern manuell anpassen und im (eigentlichen) Takt 5 stattdessen die Taktnummer 9 einstellen, von der aus dann automatisch weitergezählt wird.
Viele Grüße
Torsten
Edit:
Du kannst auch auf den Sibelius-"Nachfolger"
Dorico umsteigen:
Dort hat man die Möglichkeit, einzustellen, wie sich die Taktzählung bei Wiederholungen verhalten soll. Wenn man möchte, kann man Wiederholungen bei der Taktzählung berücksichtigen, so dass es in Deinem Beispiel nach Takt 4 gleich mit 9 weiterginge.
Ohne manuellen Eingriff.
Edit²:
Gefunden - es geht
doch mit
Sibelius:
Erscheinungsbild -> Notensatzregeln -> Taktzahlen
In der gezeigten Einstellung werden Takte der Wiederholung mitgezählt (und beim 2. Durchlauf in Klammern angehängt, das kann man aber auch anders einstellen.
Ergebnis (hier ohne Zweitzählung in Klammern): es geht nach der Wiederholung direkt mit Takt 9 weiter: