Wenn du mit Initialisierung die Wiederherstellung der Werkssounds meinst, das geht - im Ordner "Factory" liegt die Preload.PCG, da sind die Sounds im Auslieferungszustand drin. Von dort kann man auch einzelne Bänke oder auch nur einzelne Sounds laden und so wiederherstellen.
Du kannst auch grundsätzlich jede Bank hinladen, wo du willst (außer der GM-Bank I-G, glaube ich). Es kann höchstens sein, dass du vorher den Bank-Typ umstellen musst (HD-1 / EXi). Unabhängig davon ist es immer sinnvoll, regelmäßig Backups zu machen, vor allem, wenn man mit externen Libraries Versuche macht. Die Gefahr, dass man sich im Eifer der Begeisterung was überschreibt, ist immer da. Noch ein Tipp: Beim Laden von Sample-Libraries sollte man nicht unbedingt das gesamte PCG-File, was dort mitkommt, komplett laden - dann überschreibt man sich nämlich unter Umständen sein eigenes. Es gibt auch dort die Option, nur die Bank zu laden, wo die jeweils mitgelieferten Sounds drinsind, und auch die kann (und sollte!) man da hinladen, wo man Platz hat und nicht da, wo der Ersteller der Bibliothek sich das gedacht hat. Ich halte mir für solche Sachen immer U-G als "Spielwiese" frei...
Was deine zweite SSD angeht, da kann ich dir leider nicht helfen. Hast du die selbst eingebaut? Ich halte es erstmal für unwahrscheinlich, dass das eine Folge der Sample-Libraries-Orgie ist.
Wenn ich meine ganzen Backings mit rüber nehme, dann brauche ich Platz 
